Los antecedentes del actual edificio se remontan a 1.870, cuando San Javier estaba a cargo de los padres franciscanos Antonio Rossi y Hermete Constanzi.

El asentamiento había crecido lo suficiente como para que la antigua y pequeña capilla de tapia no alcanzara a cubrir las necesidades de los fieles.

En 1.874, los sacerdotes, obtienen autorización para la construcción del nuevo templo, además de la licencia para pedir limosna en todo el ámbito diocesano durante dos meses y un subsidio del Gobierno Provincial para iniciar la obra al año siguiente.

Para esta labor contaban ya con artesanos carpinteros, albañiles y los peones necesarios, así como también los materiales necesarios.

Sin embargo, la construcción del templo fue trabajosa y lenta, en tanto que los recursos necesarios se obtenían gracias al aporte de fieles y del gobierno provincial.

Las obras finalizan e 1.878.

El Campanario se finaliza en 1883, el mismo año en que se colocan las campanas.

En 1886 se remodela su fachada, construyéndose pilares y rejas de hierro.

En 1903, estando a cargo Fray Ambrosio Pighín, se blanquea la fachada y se coloca el escudo franciscano.

En 1912, gracias a los aportes de una feligresa se adquiere un reloj para la torre.

El templo consta de tres naves. De las cuales dos conforman la iglesia y la restante es utilizada como dependencia.

En la misma se halla un buen número de imágenes, destacando la del Santo Patrono San Francisco Javier, de gran devoción popular, tallada en madera sólida por los mocovíes los cuales plasmaron sus rasgos indígenas en la imágen.